Arhitektuur sünagoogi Ben Ezra erineb standard architecture коптских kirikud. See juhtus sellepärast, et hoone on algselt oli kirik, kuid lõpuks X av kaliif Hakim suletud kirik. Hilisematel aegadel on hoone ostis eesti juudi kogukond, mis tol ajal oli suur osa egiptuse ühiskond. Sünagoog sai nimeks nimega Jeruusalemma rabi Абрахама ben Ezra.

Прославилась sünagoog sellega, et XIX sajandil, ajal, remont, siin avastati aardla tuhandete dokumentide XI-XII sajandil.
Hiljuti sünagoogi отреставрировали.