Zagrebi ülikool on kõige vana mitte ainult territooriumil Horvaatia, kuid ka Lõuna-ja Ida-Euroopas. Kuupäev selle ametlikku asutamist loetakse 23. septembril 1669 aastal, kui rooma keiser ja венгерско-horvaatia kuningas Leopold I andis välja seaduse, признающий privileegid ja staatuse ülikooli õppeasutuse endise иезуитской akadeemia, mis tegutses territooriumil vaba royal linna Piirkonnas, endise pealinna Kuningriik Horvaatia ja Славонии. See kuupäev on algus ajalugu Загребского ülikooli tema võitluses elluviimiseks saadud õigusi ja saada väärilise koha seas lugupeetud ja esinduskogu ülikoolide ja akadeemiate Kesk-Euroopas.

Lugu Загребского ülikooli tänapäeva tema kujul algab algatus джяковского piiskopi ja silmapaistev serbohorvaadi metseeni Йосипа Юрая Штроссмайера, kui ta 1861 tegi ettepaneku korraldada ülikoolis neli õppejõud: medical, теологический, filosoofiline ja law. See ettepanek võeti paar aastat, ja 1874 horvaatia parlament võttis selle kaasa ja välja määrus "ülikoolis". Samal aastal ülikooli vahetanud nime ning saanud nimeks Kaasaegne ülikool Piirkonnas.

Alates 1990-ndate ülikooli saadi suur autonoomia, on samal ajal algas liitumine Болонскому protsessi.